El Centro de Investigaciones Rurales (CIR) se especializa en el estudio económico y social del sector rural, con énfasis en lo agropecuario y en el manejo de los recursos naturales en el Ecuador, desde la perspectiva del desarrollo rural.

Los trabajos de investigación desarrollados en el CIR buscan contribuir a la generación de conocimiento y proveer insumos para la toma de decisiones de política agrícola y social rural, mediante análisis del comportamiento de los agentes en economías rurales locales y globales, utilizando herramientas de economía, sociología y ciencias afines, por ejemplo, ecología, agronomía, nutrición, agricultura, biodiversidad y bioeconomía, aplicadas. 
 
El CIR desarrolla su actividad apoyando al programa de la Maestría Internacional en Desarrollo Rural (MIDER) que se dicta en la ESPOL bajo convenio con universidades europeas (Gante, Berlín, Rennes, Córdoba, Nitra y Pisa) y universidades asociadas en Asia, África y Estados Unidos. Estudiantes de la MIDER encuentran en el CIR apoyo a los proyectos de investigación que requiere su titulación, así como propone proyectos que se realizan con investigadores de universidades en otros países para el desarrollo de casos de estudio y de investigación locales.  

Entre los proyectos que ha realizado el CIR se encuentran:

• Asesoría técnica para actividades de ganadería en haciendas privadas.
• Estudios de factibilidad y definitivos para la construcción del puesto fijo de control forestal Mera en la provincia de Pastaza.
• Diseño de un centro de acopio en la provincia de Las Galápagos.
• Diagnóstico de la capacidad instalada y condiciones operativas actuales de 15 centros de acopio de madera retenida y decomisadas en las provincias de Napo, Morona Santiago, Loja y El Oro.
• Diagnóstico de la capacidad instalada y condiciones operativas actuales de 15 centros de acopio de café y cacao y propuesta de repotenciación de al menos 10 centros en la Amazonía.
• Manejo integrado de paisajes de uso múltiple y de alto valor de conservación para el desarrollo sostenible de la región amazónica. 
• Desarrollo de una metodología y su manual de aplicación para estimar la contribución de la bioeconomía al desarrollo económico y social y su validación en Ecuador.
• Elaboración del plan de desarrollo y ordenamiento territorial del cantón San Francisco de Milagro.
• Caracterización de los sistemas productivos bajo modelos agroecológicos resilientes de las provincias de Manabí, Esmeraldas y Chimborazo. 
• Estudios para formular el plan de riego y drenaje en las Islas Galápagos.
• Camino a la reactivación del Ecuador agroalimentario: huella ambiental, tecnología verde, cadmio, responsabilidad y diversificación.
• Capacitación al sector agroproductivo de las Islas Galápagos
• Estudios y diseños definitivos del sistema de riego comunitario Camote-Cascajo del cantón Santa Cruz, Galápagos.
• Investigación de la estructura socioeconómica del Banco Comunal El Junquillo en el cantón Vinces.